La storia, ambientata nel 1937 alla vigilia della seconda guerra mondiale, coinvolge una misteriosa organizzazione di addestramento per spie nota come "Agenzia D". L'organizzazione è fondata dal tenente colonnello Yuuki dell'esercito imperiale giapponese. I suoi ideali lo portano a reclutare persone al di là dei diplomati e del personale dell'accademia militare, addestrandoli a diventare agenti qualificati nelle arti della manipolazione. Questi agenti diventerebbero una squadra specializzata per condurre le operazioni. Uno di questi agenti antieroi, sotto il nome di Jirou Gamou, intraprende una straziante missione per scoprire documenti segreti intitolati "Black Notes", mentre combatte contro forze interne ed esterne ai suoi stessi ranghi.